3 محكمه كار خود را در اشبيليه از اينجا آغاز كرد كه هركس بايد محكمه را در معرفى ملحدين و كافران و هركس كه در عقيدهء او تزلزلى هست يارى دهد و در جمع‌آورى دليل براى محكوميت آنان با محكمه همكارى نمايد . طوفان نخست بر يهوديان مسيحى شده كه شمار كثيرى از آنان در اشبيليه مىزيستند فرووزيد و هنوز يك سال نگذشته بود كه هزارها تن قربانى گرديدند و از ايشان شمار كثيرى هم در آتش سوزانده شدند . خلق بسيارى هم به زندان افتادند و به جريمه‌هاى بزرگ محكوم شدند يا از همهء حقوق مدنى محروم گشتند . بسيارى از اين مسيحىشدگان براى نجات جان خويش به املاك اشراف گريختند ولى از سوى پادشاه فرمانى صادر شد كه همهء فراريان بايد تسليم محكمه تفتيش شوند و اشراف را تهديد كرد كه اگر از اجراى اين فرمان سر باز زنند ، وظيفهء آنها قطع مىشود و خود از كليسا طرد مىشوند . بعضى از بزرگان تازه مسيحىشدگان تصميم به مقاومت گرفتند و توطئه‌اى ترتيب دادند كه اعضاى محكمهء تفتيش را به قتل برسانند ولى توطئه كشف شد و بسيارى گرفتار آمدند و جمعى نيز محكوم به سوختن شدند . از آن پس در برابر محاكم تفتيش معارضى باقى نماند . فعاليتهاى محكمه به سرعت گسترش يافت و پادشاه و ملكه فرمانى صادر كردند و در ماه فوريه سال 1482 هفت تن قاضى ديگر معين كردند . از آن پس در قرطبه و جيان و شقوبيه و طليطله و بلد الوليد نيز محاكمى به وجود آمد و سراسر مملكت اسپانيا - قشتاله و آراگون - را دربر گرفت . فرناندو و ايسابلا مىكوشيدند به محاكم تفتيش عقايد صفت ملى دهند و بگويند كه بيشتر قدرت آن از پادشاه منبعث است تا از پاپ . پاپ در سال 1483 فرمانى صادر كرد كه به مقتضاى آن مجلس اعلاى محكمهء تفتيش amerpuS تشكيل مىشد . اين محكمه در امور دينى اختيار مطلق داشت و داراى چهار عضو بود ، كه يكى مقام رياست داشت . مقام رياست